Spatio-temporal framework for integrative analysis of zebrafish development studies

Belmamoune, M. (2009)

Doctoral Thesis

Bio-informatica kan omschreven worden als het toepassen van algoritmen om meerwaarde te verkrijgen uit data afkomstig van biomedisch en/of biologisch onderzoek. In bio-informatica wordt onderzoek gedaan met grote gegevens verzamelingen die afkomstig zijn uit biomedisch en/of biologisch experimenten. Het doel van dit onderzoek is komen tot nieuwe inzichten vanuit de gegevens verzameling. Deze inzichten komen tot stand door de goede organisatie van de data, het linken naar en integreren met complementaire gegevens verzamelingen en ontwikkelen en toepassen van analytische methodieken. Als bio-informatica groep onderzoeken wij het inrichten en ontwikkelen van een 3D spatio-temporele data omgeving voor ontwikkelingsstudies van het zebravis model organisme. De expressie van genen in spatio-temporale patronen vormt de basis van het ontwikkelingsproces. Voor onderzoekers is een begrip van deze patronen in sam enhang met de anatomische ontwikkeling belangrijk; hoe vormen de patronen de basis voor vorm verandering en welke genen kunnen bij dergelijke veranderende patronen betrokken zijn. In deze context hebben wij een omgeving ontwikkeld voor spatio-temporele gegevens uit embryonische studies van het zebravis modelsysteem.

• 3D
• Developmental biology
• Gene expression
• Integrative framework
• Interoperability
• Ontology
• Zebrafish

• All authors: Belmamoune, M.
• Supervisor: Kok, J.N.
• Co-supervisor: Verbeek, F.J.
• Qualification: Doctor (dr.)
• Awarding Institution: Leiden Institute of Advanced Computer Science (LIACS), Faculty of Science, Leiden University
• Date: 2009-11-17
• ISBN (print): 9789090248660
• Court: LEI Universiteit Leiden