The objective of the project described in this thesis was to study the complex induction of extracellular proteases in the filamentous fungus Aspergillus niger using information gathered with... Show moreThe objective of the project described in this thesis was to study the complex induction of extracellular proteases in the filamentous fungus Aspergillus niger using information gathered with functional genomics technologies. A special emphasis is given to the requirements for performing a successful systems biology study and addressing the challenges met in analyzing the large, information-rich data sets generated with functional genomics technologies. The role that protease activity plays in strain and process development of A. niger and other aspergilli is reviewed. The influence of several environmental factors on the production of extracellular proteases of A. niger in controlled batch cultivations was studied. Samples generated in this study were used for analysis with different functional genomics technologies. With a shotgun proteomics approach the A. niger secretome under different experimental conditions was determined. Furthermore, the effect of different quantitative phenotypes related to protease or glucoamylase activity on the information content of a metabolomics data set was investigated. Finally, the clustering of co-expressed genes is described. First, a set of conserved genes was used to construct gene co-expression networks. Subsequently, all protein-coding A. niger genes, including hypothetical and poorly conserved genes, were integrated into the co-expression analysis. Show less
Het is nu gangbaar in de kliniek om aan de hand van een enkele biochemische component (een gen, eiwit of metaboliet) vast te stellen of iemand ziek is. Echter, met geavanceerde meettechnieken zijn... Show moreHet is nu gangbaar in de kliniek om aan de hand van een enkele biochemische component (een gen, eiwit of metaboliet) vast te stellen of iemand ziek is. Echter, met geavanceerde meettechnieken zijn we nu in staat zijn om tientallen tot zelfs honderden van deze componenten tegelijk te meten. Hierdoor krijgen onderzoekers een veel breder overzicht van wat er allemaal verandert tijdens een ziekte en kunnen er betere diagnostische tests worden ontwikkeld. Voor dit proefschrift heb ik mij verdiept in deze technieken en hun toepasbaarheid in artrose. Artrose is een veel voorkomende rheumatische aandoening waarvan de exacte oorzaak nog onduidelijk is. Ik heb vastgesteld dat er met name nog weinig bekend is over het aandeel van de afbraakproducten van eiwitten en van vetten. Ik heb de benodige meettechnieken opgezet om honderden van deze afbraaktproducten en vetten te kunnen meten. Hieruit bleek dat een onstekingsmediator zeer verhoogd is in artrose en dat de samenstelling van vetten in het bloed van artrose patienten anders is dan bij gezonde mensen. De vindingen van dit proefschrift geven de kracht van deze meettechnieken aan om bij te dragen tot verbeterde diagnostische tests. Show less
