High Throughput (HT) methods are high volume experimental approaches that are common in the fields of the life-sciences. The instrumentation for these methods differs per application. We will focus... Show moreHigh Throughput (HT) methods are high volume experimental approaches that are common in the fields of the life-sciences. The instrumentation for these methods differs per application. We will focus on the HT methods that are concerned with imaging. The aim of this thesis is to find robust methods for object extraction and analysis. We focus on the Computer Science aspects of such analysis, namely pattern recognition. Pattern Recognition can be seen in the context of object recognition and data mining. Both aspects will be described in this thesis. We present a framework for segmenting and recognizing the objects of interest based on Template Matching. This approach was designed for an application in the HT screening of zebrafish embryos. All proposed methods are fully automated. We further elaborate on the segmentation algorithms to apply these in software that can be used in a HT context to derive measurements. Then we apply the software on a real life problem involving zebrafish infected with Mycobacterium marinum. Show less
Bio-informatica kan omschreven worden als het toepassen van algoritmen om meerwaarde te verkrijgen uit data afkomstig van biomedisch en/of biologisch onderzoek. In bio-informatica wordt onderzoek... Show moreBio-informatica kan omschreven worden als het toepassen van algoritmen om meerwaarde te verkrijgen uit data afkomstig van biomedisch en/of biologisch onderzoek. In bio-informatica wordt onderzoek gedaan met grote gegevens verzamelingen die afkomstig zijn uit biomedisch en/of biologisch experimenten. Het doel van dit onderzoek is komen tot nieuwe inzichten vanuit de gegevens verzameling. Deze inzichten komen tot stand door de goede organisatie van de data, het linken naar en integreren met complementaire gegevens verzamelingen en ontwikkelen en toepassen van analytische methodieken. Als bio-informatica groep onderzoeken wij het inrichten en ontwikkelen van een 3D spatio-temporele data omgeving voor ontwikkelingsstudies van het zebravis model organisme. De expressie van genen in spatio-temporale patronen vormt de basis van het ontwikkelingsproces. Voor onderzoekers is een begrip van deze patronen in sam enhang met de anatomische ontwikkeling belangrijk; hoe vormen de patronen de basis voor vorm verandering en welke genen kunnen bij dergelijke veranderende patronen betrokken zijn. In deze context hebben wij een omgeving ontwikkeld voor spatio-temporele gegevens uit embryonische studies van het zebravis modelsysteem. Show less
