Nucleosome dynamics resolved with single-pair fluorescence resonance energy transfer spectroscopy

Koopmans, W.J.A. (2009)

Doctoral Thesis

Nucleosome Dynamics Resolved with Single-Pair Fluorescence Resonance Energy Transfer Spectroscopy Het oprollen van DNA in een nucleosoom is de eerste stap van DNA condensatie in de eukariotische celkern. Nucleosomen vormen obstakels voor enzymen die het opgevouwen DNA binden, en spelen om die reden een belangrijke rol in genregulatie. Om te begrijpen hoe de toegankelijkheid van nucleosomaal DNA wordt gecontroleerd, is het noodzakelijk om de moleculaire mechanismen te ontrafelen die hieraan ten grondslag liggen. Dit proefschrift doet verslag van een experimentele studie met behulp van enkel-paar Fluorescentie Resonantie Energie Overdracht Spectroscopie (single-pair Fluorescence Resonance Energy Transfer, ofwel spFRET). De technieken die we hebben ontwikkeld zijn met name geschikt om de dynamica te bestuderen van heterogene DNA-eiwitcomplexen. Met behulp van spFRET was het mogelijk om de structuur van het DNA in __n enkel nucleosoom te volgen in de tijd. Daarmee laten we zien dat nucleosomaal DNA spontaan loskomt van de histon kern. Doordat dit frequent gebeurt, is het DN A in nucleosomen toegankelijk voor enzymen op biologische relevante tijdschalen.

• Alternating Laser Excitation
• Biophysics
• Fluorescence Correlation Spectroscopy
• Immobilization
• Nucleosome dynamics
• Nucleosome reconstitution
• Photoblinking
• Single-molecule fluorescence
• Single-pair FRET

• All authors: Koopmans, W.J.A.
• Supervisor: Schmidt, T.
• Co-supervisor: Noort, J. van
• Qualification: Doctor (dr.)
• Awarding Institution: Faculty of Science, Leiden University
• Date: 2009-06-18
• ISBN (print): 9789085930518