Incubation and latency time estimation for SARS-CoV-2

Arntzen, V.H. (2024)

Doctoral Thesis

De incubatietijd (van infectie tot de eerste symptomen) en latente periode (van infectie tot de start van besmettelijkheid) zijn cruciaal voor het informeren van controle maatregelen aan het begin van een infectieziektenuitbraak. Een voorbeeld is de duur van quarantaine voor potentieel geïnfecteerden, een controle maatregel die na het uitbreken van SARS-CoV-2 in 2020 veelvuldig gebruikt is. Observaties van de incubatietijd en latente periode zijn doorgaans schaars én grillig, wat de noodzaak van toegespitste methoden benadrukt, die ook nog eens tijdig geïmplementeerd moeten kunnen worden. We kwantificeerden verschillende vertekeningen die voorkomen in schattingen van de incubatietijd en latente periode en breidden de huidige gereedschapskist uit met gebruiksklare software die de contextuele kenmerken van de specifieke uitbraak in ogenschouw neemt. Schattingen van de latente periode zijn in het bijzonder zeldzaam, omdat niet alleen de informatie over blootstelling, maar ook over de (start van de) besmettelijkheid lastig en niet exact te verkrijgen is. Met behulp van een dataset uit Vietnam -de eerste van dit type buiten China, en verzameld in afwezigheid van grootschalige vaccinatie of eerdere infectie-, schatten we de latente periode van de SARS-CoV-2 Delta variant in Vietnam (2021). Onze resultaten zijn een indicatie dat de latente periode in niet-immune individuen korter zou kunnen zijn dan bleek uit eerder onderzoek.

• SARS-CoV-2
• Quarantine period
• Incubation time
• Latency time
• Delta variant
• Interval censoring
• Semiparametric
• Differential recall
• Epidemiology
• Statistics

• All authors: Arntzen, V.H.
• Supervisor: Fiocco, M.
• Co-supervisor: Geskus, R.B.
• Committee: Choisy, M.; Derks, G.L.A.; Gómez Melis, G.; Putter, H.; Spieksma, F.
• Qualification: Doctor (dr.)
• Awarding Institution: Mathematical Institute (MI), Faculty of Science, Leiden University
• Date: 2024-10-16
• ISBN (print): 9789493289574