Leiden University Scholarly Publications

Persistent URL of this record https://hdl.handle.net/1887/32006

In Collections

This item can be found in the following collections:

Paltansing, S. (2015)

Antimicrobial resistance in Enterobacteriaceae : characterization and detection

Doctoral Thesis
De moleculaire karakterisering van antimicrobi_le resistentie mechanismen onderzocht in dit proefschrift toont de heterogeniteit aan van antimicrobi_le resistentiemechanismen in multiresistente Enterobacteriaceae. Naast de belangrijke overdraagbare ESBL-enzymen, CTX-M, SHV, TEM, plasmidaal gecodeerde AmpC _-lactamasen en carbapenemases zouden multiresistente isolaten in elk geval ook onderzocht moeten worden op de aanwezigheid van andere resistentie genen, zoals de plasmidaal-gemedieerde resistentie genen qnr en aac-6__-Ib-cr. Zoals beschreven in hoofdstuk 2, 3, en 4 is gebleken dat chromosomaal gecodeerde resistentie ook een belangrijke rol speelt. Hoewel verschillende technieken als multiplex PCR en sequentieanalyse, qRT-PCR en microarrays zijn gebruikt, is het gebruik hiervan niet toereikend om alle betrokken genen te kunnen onderzoeken. In het huidige tijdperk van multiresistente bacteri_n zijn moleculaire technieken nodig, die het hele genoom kunnen onderzoeken in __n test. De...Show moreDe moleculaire karakterisering van antimicrobi_le resistentie mechanismen onderzocht in dit proefschrift toont de heterogeniteit aan van antimicrobi_le resistentiemechanismen in multiresistente Enterobacteriaceae. Naast de belangrijke overdraagbare ESBL-enzymen, CTX-M, SHV, TEM, plasmidaal gecodeerde AmpC _-lactamasen en carbapenemases zouden multiresistente isolaten in elk geval ook onderzocht moeten worden op de aanwezigheid van andere resistentie genen, zoals de plasmidaal-gemedieerde resistentie genen qnr en aac-6__-Ib-cr. Zoals beschreven in hoofdstuk 2, 3, en 4 is gebleken dat chromosomaal gecodeerde resistentie ook een belangrijke rol speelt. Hoewel verschillende technieken als multiplex PCR en sequentieanalyse, qRT-PCR en microarrays zijn gebruikt, is het gebruik hiervan niet toereikend om alle betrokken genen te kunnen onderzoeken. In het huidige tijdperk van multiresistente bacteri_n zijn moleculaire technieken nodig, die het hele genoom kunnen onderzoeken in __n test. De toepassing van next-generation sequencing (NGS) in een klinisch microbiologisch laboratorium zal alle informatie verstrekken: de identificatie van de species, de gevoeligheid voor antibiotica, de virulentie kenmerken en typering en tenslotte ook de hoeveelheid van de aanwezige species. Mogelijk kan NGS uiteindelijk de meeste, zo niet alle huidige fenotypische microbiologische methoden vervangen.Naast het gebruik van snelle en gevoelige detectie van resistentiemechanismen door niet-fenotypische testen, zal actieve realtime monitoring en surveillance belangrijker gaan worden.Show less
Antimicrobial resistance mechanisms
Next-generation sequencing
Molecular characterization
ESBL
All authors
Paltansing, S.
Supervisor
Kroes, A.C.M.
Co-supervisor
Bernards, A.T.
Qualification
Doctor (dr.)
Awarding Institution
Leiden University Medical Center (LUMC), Leiden University
Date
2015-02-18
ISBN (print)
9789090288093